Puis, les microalgues sont récoltées et leur huile est extraite selon des procédés variés. Nous avons choisis pour nos expérimentations de réaliser une extraction par solvant également appellée « milking » suivie d’une décantation. En toute logique, une fois cette opération réalisée et donc les lipides extraits, les microalgues peuvent être remises en culture. D’autres techniques d’extractions peuvent être mises en œuvre notamment une séparation par différence des masses volumiques algale et du milieu ou par ultrafiltration.

A la suite de l’ensemble de ces étapes, l’huile est convertie en carburant. Les algocarburants sont obtenus principalement à partir des huiles produites par les microalgues. Les plus performantes peuvent contenir jusqu’à plus de 70% de lipides. Ces lipides peuvent être extraits selon différents procédés comme l’extraction au solvant, de type acétone ou hexane, aux champs électromagnétiques, aux micro-ondes, aux ultrasons, aux liquides ioniques ou actions mécaniques. Une fois l’extraction réalisée, les lipides peuvent être convertis en biodiesel suivant une transestérification, donc en faisant réagir de l’éthanol avec l’huile algale.